在家用主機的傳統即時戰略游戲，最怕就是操作不順以及部隊眾多時的延遲問題。 《最高指揮官2》透過多種操作技巧取代滑鼠圈選與鍵盤的快捷鍵設定，用兵器移動較慢的設定讓部隊眾多時的延遲不至于太明顯，再加上省略PC版的作戰重播錄影功能以減輕記憶體負擔。除了極多的部隊彼此開火時引起的大量煙霧殘骸特效會造成延遲外，《最高指揮官2》讓玩家在大多數的時間都能享受即時戰略的樂趣。以下分享這款游戲的特色與好玩之處：

簡潔的主選單。

一、戰役模式(Campaign)

戰役模式提供三個陣營(UEF、Illuminate、Cybran)的故事流程，一開始只能先玩UEF(The United Earth Federation，聯合地球聯盟)陣營。玩家可以透過游戲中的即時動畫以及語音字幕認識3大陣營各自面對的問題與彼此的利害關系。

游戲中每個陣營各有6大關，破關后才能進行另一個陣營的戰役故事，3個陣營共有18大關。 《最高指揮官2》透過戰役模式讓玩家由淺入深而熟悉游戲的操作介面與兵種特性，每大關除了以主要任務當作劇情動畫觸發點，還提供多樣化的次要任務供玩家挑戰，完成次要任務可獲得研發點數或資源獎勵。隨著戰役故事的推進，玩家可操作的兵種與戰爭規模會逐漸擴大，每個陣營的最后一關照例進行總驗收，例如UEF最后一關起初只能帶現有部隊解救我軍指揮官，好不容易抵達前線基地后，還得抵擋多如潮水的敵軍不斷涌來，在初期資源不足的情況下，一邊撿殘骸回收資源一邊發展科技，想辦法撐到己軍陣容足夠再個別擊破3處敵軍據點，該關卡游戲時間至少1小時。

戰役模式每完成一個附屬任務，會獲得研究獎勵點數與觸發下一個事件的進行，透過事件讓玩家熟悉新部隊的操作與了解劇情。

UEF第6大關的激烈戰役，右上方的敵軍源源不絕地攻過來，必須盡快穩住戰線以免波及后方的基地，設置大型護盾能發揮部分抵擋效果以減小我軍的傷亡;地面的焦黑部分是之前激烈作戰留下的痕跡。

戰役模式通常需先撐過一波波電腦的猛攻，之后換我方帶著大量兵器反攻敵方。若是控兵不佳或是兵種配置錯誤，將導致戰力受損而無力反攻。